The Callisto Protocol столкнулась с трудностями не только после релиза, но и в процессе разработки. Оказалось, что игра могла бы получить больше контента, если бы Striking Distance Studios получили обещанное время от издателя KRAFTON, как сообщил директор Глен Скофилд.
В недавнем интервью на YouTube-канале Dan Allen Gaming, Скофилд рассказал, что ему требовалось еще около трех с половиной месяцев для завершения The Callisto Protocol, и KRAFTON первоначально согласились на это. Издатель позволил ему добавлять в игру все, что он пожелает, без ограничений.
Однако в январе 2022 года компания изменила свое решение и потребовала завершить разработку к декабрю. Это привело к напряженному графику работы и сокращению контента. Скофилд сообщил, что ему пришлось удалить "двух с половиной боссов", "троих или четверых врагов" и другие элементы, некоторые из которых были добавлены позже.
Помимо нехватки времени, студия столкнулась с проблемами, вызванными COVID-19, и потерей сотрудников, так как многие компании предлагали высокие зарплаты во время бума игровой индустрии. В результате Striking Distance потеряла 49 человек.